El problema es que no recordaba el nombre de las mismas, y aunque sabía lo que buscaba, tarde un rato en encontrar la respuesta, que posteo aquí para futuras referencias.
sudo apt-get install ia32-libs
Mano de santo, una vez instaladas todas las librerías el JD-GUI, funcionaba perfectamente. Aunque el problema en este caso era muy específico, estás librerías pueden solucionar muchos problemas a la hora de jecutar software como wine, juegos, etc en sistemas de arquitectura de 64bits
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